在台灣，自從小兒麻痺絕跡後，腸病毒的流行幾乎是每年流行季五歲以下家長所最擔心的事。然而在疫苗研究與臨床試驗尚未問世之前，以傳染病的流行病學專業做法防杜流行趨於嚴重，仍是最有效的作為。
在傳染病中，一旦重症病例出現，即表示微生物的毒力（virulence）趨強，加上腸病毒是RNA病毒，易在當地演化，且稍不留意極能造成他處跟著流行。即此病毒有其「全國性」的流行潛力，因此無論中央或地方的防疫機構首長均要快速且徹底控制。
即使某地重症病例數為一，也要全力以赴，避免如登革出血熱的嚴重病例一旦出現，若控制不彰，極容易如同一九九八年的台南與二○○二年的高雄之流行趨勢，在流行後期即使總病例數已驟降，嚴重病例仍時常出沒。換言之，以過去腸病毒兩波峰的流行病學特徵來看，隨著學期結束，病例數會下降，此時也可能表示並非完全控制，迨九月開學後，又會遭遇「二度考驗期」，若此階段控制不彰，其後仍可見重症病例。
以今年台灣腸病毒重症病例在年初即出現來看，流行病學的調查「感染源」與其後防治策略的成敗攸關往後的重症病例是否出現。過去腸病毒的重症在台灣中、南部居多，但在二○○三年因SARS流行而積極推動的衛生教育，發現可減少第七一型腸病毒壯大的機會；因此成人的衛生教育與家庭內的衛生習慣，尤其隔代教養的祖孫、新移民的衛生教育與鄉間鄰近親緣小朋友群聚玩樂之際，如何避免傳播或多次互傳，顯得格外重要。更何況腸病毒的感染人群中，有些人沒有明顯症狀，所以防治工作必須以全面防止「感染」為主，而不能單由病例來了解流行病學。
例如幼兒學走路站不穩時，易將手沿桌抓著走，即凡手碰觸之處，均應加強環境清潔，減少傳播機會；加上嬰幼兒有抓物入口的習慣，而此時免疫系統又尚未完全準備迎戰微生物，所以須以科學方式思考如何全面減少感染腸病毒總量與次數或其他微生物，再佐以及時有效的流行病學調查。換句話說，除了顧及托兒所或育嬰所之外，須重視以社區為基準的衛生教育，大人的不良衛生習慣或感染，也會將此波流行的嚴重度加溫。
更重要的是家長及育幼人員（如保母、教師等）必須熟悉腸病毒的病癥，雖感染者開始症狀可能較輕，仍必須隨之每日多次仔細觀察任何變化，一旦病癥趨向嚴重，應盡「早」就醫，且流行期勿再帶家中其他兒童陪伴入院。
綜言之，提升嬰幼兒免疫力、減少感染的機會與傳播頻率、觀察幼兒所有手觸處的清潔、降低人群傳播以及各族群正確有效的衛生教育，定能將嚴重病例降至最低。另方面，一旦嚴重病例出現不同縣市，疾管局的防治策略也愈形重要。如何妥用防疫醫師、流行病學頂尖人才的正確判斷指引及嚴肅思考各項整合性偵測與流行病學調查的資料，並迅速提供地方衛生單位最新疫訊和支援，才可齊心協力早日控制。
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